Andalucía presenta las mismas características que el resto de los ríos de la península. Tiene la particularidad que en ella se dan todos los tipos de regímenes fluviales que podemos observar en España. 

Como características más reseñables destacamos:

• Predomina el régimen pluvial mediterráneo
• a la vertiente atlántica vierten el 73% de las aguas de todo el territorio andaluz.
• Se divide en distritos hidrográficos

En un principio los distritos hidrográficos fueron gestionados por la administración del Estado pero entre 2009 y 2011 el distrito hidrográfico del Guadalquivir fue gestionado por la consejería de medio ambiente de la junta de Andalucía. Tras una sentencia del tribunal constitucional se ordenó la devolución a la administración del Estado de todas las competencias que habían sido transferidas en ese momento

1. El distrito hidrográfico del Tinto-Odiel-Piedras. Ocupa una superficie de 6871 km² incluyen las cuencas de los ríos Tinto, Odiel,Piedras y Chanza, en la provincia de Huelva. La precipitación media anual es de 700 mm, superior a la demanda, lo que supone un balance hídrico positivo
2. El distrito hidrográfico Guadalete-Barbate. Ocupa un área de 6445 km² repartidos entre Cádiz, Sevilla y Málaga… Sus precipitaciones anuales alcanzan los 600 mm y, por término medio, presenta un balance hídrico negativo, causado en gran parte por la alta demanda del sector agrario para regadío
3. El distrito hidrográfico Mediterráneo. Posee una superficie de 18.425 km² y comprende todas las cuencas mediterráneas entre el campo de Gibraltar y el río Almanzora, en las provincias de Cádiz, Granada, Málaga, Almería y Córdoba. Las precipitaciones son muy irregulares, comprendidas entre 1200 mm en el área occidental y los 200 mm en la oriental; presentando una demanda neta de 1377 hm3 /año lo que supone un déficit hídrico 
4. El distrito hidrográfico del Guadalquivir posee una superficie aproximada de 57.071 km² repartidos entre las provincias de Jaén, Córdoba, Granada, Sevilla, Huelva y Cádiz. La arteria principal es el Guadalquivir, con una longitud de 656 km entre su nacimiento en la Sierra de Cazorla y su desembocadura en Sanlúcar de Barrameda. Recibe numerosos afluentes, tanto por su margen izquierda, donde sobresale el Genil, como por su margen derecha, procedente de Sierra morena. Con unas precipitaciones de entre 1000 y 500 mm anuales, en un año pluvial medio, la demanda de agua en esta cuenca es ligeramente superior a la oferta, lo que genera déficit hídrico

Hay que destacar que aunque las precipitaciones en Andalucía aportan unos recursos de más de 7000 hm³, el riego consume en torno al 80 % del agua disponible lo que da lugar a que haya siempre  un déficit hídrico importante

Los Lagos y humedales naturales, en general son de modesto tamaño, aunque numerosos y gran importancia por la extraordinaria riqueza de su biodiversidad.

Destacan, entre otros, la laguna de Fuente de Piedra (Málaga), las marismas del entorno de Doñana y de la Bahía de Cádiz. Asimismo, cuenta con numerosos acuíferos, especialmente en la zona oriental.

La junta de Andalucía a través del plan andaluz de humedales y de un inventario de los mismos, trata de protegerlos. Además, Andalucía cuenta con 15 humedales incluidos en la lista RAMSAR, que supone el 47% de la superficie total nacional, lo que da idea de su importancia.